В 1991 году постановлением Бюро ЦК ВЛКСМ «Орлёнок» реорганизован в Российский детский юношеский центр.

22 июня 1992 года «Орлёнок» по распоряжению Правительства РФ преобразован во Всероссийский детский центр.

В этом же году 4 августа на набережной «Орлёнка» появился Столб мира. За несколько лет до этого японский рыбак нашёл на побережье Японского моря бутылку с пожеланиями мира от орлят. Инициатором этого послания были сотрудники Всероссийского детского центра, их дети, члены клуба «Человек и дельфин» («ЧИД»), и руководитель Лилия Филиппова. Клуб «ЧИД» по замыслу – общественно-познавательная организация, ведущая работы в области «контактоведения». Одна из её задач – пропаганда развития дружеского отношения человека с различными представителями «высших форм жизни на Земле», научных знаний о наших младших братьях – животных, и о поисках «старших» - космических цивилизаций». Но у клуба была и ещё одна цель – это поиски контакта между людьми. Так родилась идея «морской почты». «Чидовцы» обратились во многие пароходства страны с просьбой отправить по всем океанам их мирное послание. В Индийском океане бутылку с посланием отправил экипаж теплохода «Острогожск», экипаж теплохода «Леонидзе» бросил бутылку в Средиземном море в районе острова Сицилия, в Тихом океане оказалась бутылка, опущенная с теплохода «Николаевск». Послание Мира было опущено в районе Гавайских островов, в Атлантическом океане с теплохода «Юстас Палецкис». 24 октября 1987 года в Японском море в день «Волны мира» (которая началась в 12 часов в Хиросиме) морской почтой отправил «чидовское» письмо экипаж теплохода «Художник Жуков». Скорее всего, именно это послание и получил японский рыбак Иосихиро Мотои. В 1992 году японская делегация прибыла в «Орлёнок» и возле памятного камня установила Столб мира, как зрительную форма послания «Да будет мир человечеству во всем мире!».

В 1993 году в Центре проходит Международная конференция по проблемам культуры и истории христианства, а в 1995 году - научно-практическая конференция «Роль и место «Орлёнка» в развитии личности современного подростка».

В 90-е годы в «Орлёнке» проходит целый ряд крупных мероприятий: Всесоюзный сбор комсомольцев-старшекласников, молодёжный художественный фестиваль первой Артиады России, Российский олимпийский турнир «Спарта», Российский конкурс-фестиваль детского художественного творчества «Орлята России», акция «Звёзды балета — детям», Всероссийский сбор военно-патриотических объединений школьников, Всероссийский фестиваль юных корреспондентов радио и телевидения, фестиваль детского творчества «Алиса», Всероссийский финал конкурса-соревнования юных велосипедистов «Безопасное колесо», Всероссийский фестиваль «Наследники великой Победы».

В ноябре 1994 года открылся педагогический колледж «Орлёнка». Его первым директором была Антонина Ковалева, сегодня она руководит общеобразовательной школой Центра.

В 1997 году проходит первый Всероссийский фестиваль визуальных искусств, который с тех пор ежегодно реализуется в «Орлёнке».

Среди самых знаковых смен этого десятилетия: смена детского ордена «Милосердие», смена Всероссийского аэрокосмического общества «Союз», сбор учащихся казачьих объединений, первая международная смена юных химиков, сбор моряков, сбор юных редакторов «Гласность», сбор комсомольского актива, школа демократической культуры и другие.

24 июня 1998 года «Орлёнок» встречает эстафету олимпийского огня Всемирных юношеских игр. В этом же году издаётся песенный сборник «Песни «Орлёнка».

Гостями орлят в период 90-х в разное время становились многие известные деятели культуры и искусств, космонавты, спортсмены, писатели и учёные. Среди них: народная артистка России Валентина Толкунова, мультипликатор Вячеслав Котёночкин, Юлиан, военный лётчик первого класса Сергей Кричевский, депутат Государственной думы Ирина Хакамада, композиторы Георгий Струве и Григорий Гладков, народный артист СССР Иосиф Кобзон, ведущие телепередачи «Пока все дома» Тимур Кизяков и Андрей Бахметьев, балетмейстер, народный артист СССР Юрий Григорович, заслуженный деятель искусств Владимир Грамматиков, Дмитрий Харатьян, Сергей Маковецкий и другие.